Anestesikliniken har en central roll i sjukhusets verksamhet och är den näst största kliniken vad gäller antal anställda. Det är här operationerna utförs och intensivvården bedrivs. Anestesikliniken består av central operationsavdelning med sterilcentral, intensivvårdsavdelning (IVA) och dagoperationsavdelning. Kliniken har också en anestesiavdelning vid S:t Eriks ögonsjukhus.