Avdelning för Klinisk patologi och cytologi analyserar vävnader (histologi) och celler (cytologi) via mikroskop eller digitalt i syfte att utesluta eller konstatera cancer och andra sjukdomar. Avdelningens huvudsakliga uppgift är att genom analysering och diagnostisering av vävnader och cellprover ge behandlande läkare underlag för vidare handläggning av patientens sjukdom. Klinisk patologi och cytologi ansvarar också för bårhusen i Karlshamn och Karlskrona.