Medicinkliniken är Capio S:t Görans största klinik och här erbjuds en bred invärtesmedicinsk vård, till exempel vid hjärt-kärlsjukdomar, stroke, mag-tarmsjukdomar, endokrina sjukdomar och blodsjukdomar. På medicinkliniken finns mottagningar för bland annat hjärtpatienter och diabetespatienter samt för patienter med blodsjukdomar och inflammatoriska tarmsjukdomar. Dagvårdplatser finns vid tre enheter: medicinmottagning, hjärtmottagning och diabetesmottagning. Kardiologisektionen består av en hjärtmottagning, en vårdavdelning och en hjärtintensivavdelning. Här kan man utöver diagnostik och läkemedelsbehandling också genomföra ballongvidgning av förträngningar i hjärtats kranskärl och sätta in pacemaker. Även akutsektionen har hjärtövervakningsplatser på sin bröstsmärteenhet.